คณะแพทยศาสตร์เป็นคณะวิชาของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ที่ดำเนินการจัดการเรียนการสอน การวิจัย เพื่อการผลิตแพทย์และให้บริการทางการแพทย์แก่ประชาชนในบริบทของเวชศาสตร์การเกษตรและชีวนวัตกรรม (Agro-Medicine and Bio-Innovation) โดยมีประวัติการจัดตั้ง ดังนี้

       ปี พ.ศ. 2563 สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในการประชุมครั้งที่ 12/2563 เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ.2563 ได้มีมติเห็นชอบในหลักการทบทวนการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ หรือวิทยาลัยการแพทย์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ตามที่ผู้แทนคณะกรรมการบริหารงานมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ (ก.บ.ม.) เสนอ โดยอธิการบดีมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ดร.จงรัก วัชรินทร์รัตน์ มอบหมายให้ รองศาสตราจารย์ ดร. สมหวัง ขันตยานุวงศ์ รองอธิการบดีฝ่ายพัฒนาบัณฑิตขั้นสูงฯ ดำเนินการ ทั้งนี้เพื่อเป็นส่วนหนึ่งของการก้าวสู่การรับใช้สังคมและประเทศ โดยมีเป้าหมายที่จะขยายขีดความสามารถโดยให้การศึกษา การวิจัยและการบริการวิชาการด้านการสาธารณสุขและการแพทย์เพื่อพัฒนาคุณภาพชีวิตคนไทยอย่างยั่งยืนบนฐานความเข้มแข็งทางวิชาการและองค์ความรู้ที่สั่งสมมานานกว่า 80 ปี

       ปี พ.ศ. 2564 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้แต่งตั้งคณะกรรมการเพื่อการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ และเพื่อการพัฒนาปรับปรุงหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต โดยมีรองอธิการบดีฝ่ายพัฒนาบัณฑิตขั้นสูงฯ รองศาสตราจารย์ ดร.สมหวัง ขันตยานุวงศ์ เป็นประธานคณะกรรมการ คณะกรรมการชุดนี้ทำหน้าที่ดำเนินการทั้งมิติด้านวิชาการและด้านบริหารแก่มหาวิทยาลัย ตลอดจนการพัฒนาหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต และภารกิจอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องตามที่อธิการบดีมอบหมาย ตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 17 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2564 ต่อมามีประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ.2564 เรื่อง การแต่งตั้งคณะอนุกรรมการจัดทำหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต โดยมีพลเอก นายแพทย์ชุมพล เปี่ยมสมบูรณ์ เป็นประธานคณะอนุกรรมการ พร้อมด้วยคณะกรรมการจากผู้ทรงคุณวุฒิจากวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้าและมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในการพัฒนาหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต ต่อมาที่ประชุมคณะกรรมการเพื่อการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์และเพื่อการพัฒนาปรับปรุงหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิตได้พิจารณาเลือกโรงพยาบาลเจ้าพระยายมราช จ.สุพรรณบุรี และโรงพยาบาลศูนย์สกลนคร จ.สกลนคร เป็นโรงพยาบาลสมทบหลักเพื่อผลิตแพทย์ร่วมกับมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

       ปี พ.ศ. 2565 สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในการประชุมครั้งที่ 4/2565 เมื่อวันที่ 25 เมษายน พ.ศ.2565 มีมติเห็นชอบในการจัดตั้ง “โครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์” และในคราวการประชุมครั้งที่9/2565 เมื่อวันที่ 26 กันยายน พ.ศ.2565 สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มีมติอนุมัติหลักสูตร “แพทยศาสตรบัณฑิต” และมีข้อเสนอแนะให้มีการจัดตั้งโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ซึ่งที่ประชุมคณะกรรมการบริหารงานมหาวิทยาลัย (ก.บ.ม.) ในการประชุมครั้งที่ 10/2565 วันที่ 17 ตุลาคม พ.ศ.2565 ได้เห็นชอบในการเสนอสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์พิจารณาการจัดตั้ง “คณะแพทยศาสตร์” และโอนสถานพยาบาลมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ให้สังกัดคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ไปพร้อมกัน

       ในการนี้ สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในการประชุมครั้งที่ 10/2565 เมื่อวันที่ 31 ตุลาคม พ.ศ.2565 ได้มีมติอนุมัติจัดตั้ง “คณะแพทยศาสตร์” วันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ.2565 เพื่อดำเนินการจัดการเรียนการสอน การวิจัย เพื่อการผลิตแพทย์ และให้บริการทางการแพทย์ แก่ประชาชนในบริบทของเวชศาสตร์การเกษตรและชีวนวัตกรรม (Agro-Medicine and Bio-Innovation) จึงถือได้ว่าวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ.2565 เป็นวันสถาปนาคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง การจัดตั้งส่วนงานของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ (ฉบับที่ 3) พ.ศ.2565 ซี่งประกาศในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ 139 ตอนที่ 305 ง พิเศษ เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ.2565